Entre los varios resultados negativos está el obtener durante su periodo de presidencia la peor clasificación histórica del club, con un 17.º puesto en la temporada 2017-18 en el cuarto nivel del fútbol español, el más bajo en el que ha militado el club. Durante las temporadas 1941-42 y 1942-43 la Federación Española de Fútbol suprime la Tercera División, siendo reemplazada por una categoría denominada «Campeonato Regional de 1.ª Categoría» que hacía las veces de tercer nivel del fútbol español. Vestidos con los mismos colores que su antecesor, camiseta azul con pantalón blanco y medias azules, la temporada 2000/01 es agridulce por cuanto se consigue ascender a Primera Autonómica como primer clasificado pero con la desdicha de perder a su presidente, fallecido, resultando la campaña 2001/02 insatisfactoria al ser cuarto y no poder alcanzar la Tercera División. En la Copa Mundial de Fútbol de 2002, obtuvieron el peor resultado en la historia de un campeón vigente en una Copa del Mundo, alcanzando el 28.º lugar, quedando eliminados en primera fase con tres goles en contra y sin poder marcar un solo gol. Como entrenador del plantel principal del PAOK FC logró conquistar la Copa de Grecia ante el campeón vigente Olympiakos en mayo de 2021, equipaciones de futbol baratas luego de dos años sin que el club consiguiera el máximo título griego.
En mayo de 2019 se anuncia que la empresa Norte Proyectos Deportivos Mallorquines, gestionará la primera plantilla del club, por espacio de cinco temporadas, mientras que la cantera seguirá en manos del presidente de la entidad y su grupo. Fue inaugurado el 16 de mayo de 1995, con una capacidad de 16 212 asientos, pero se amplió a 22 524 después del último ascenso a Primera División en el verano de 2011 gracias a la instalación de las esquinas supletorias. Entre las temporadas 1929-30 y la 1933-34 juega en 3.ª División ascendiendo por primera vez a Segunda División al finalizar la 1933-34 debutando a la siguiente y descendiendo en la campaña 1940-41 a Tercera División (no existió la Segunda División B hasta 1977). Entre 1936 a 1939 no se disputan competiciones debido a la Guerra Civil Española. Tras dos temporadas, 2017-18 y 2018-19, el club nuevamente es gestionado a través del máximo accionista, campañas en que el primer equipo se mueve por los puestos bajos de la Tercera División. Los capitanes (jugadores representantes de cada equipo) deberán llevar alguna marca identificadora para ser llamados por el árbitro cuando sea necesario, que generalmente es un brazalete. El árbitro en casa, de Joaquín Ramos Marcos y Luis Peña Téllez.
El 29 de agosto de 2009, el equipo debutó en la Segunda División A del fútbol español, jugando en el Municipal de Montilivi del Girona FC y ganando por 0 a 1. El primer jugador en marcar en la nueva categoría fue Quique de Lucas. 2017 que el club trabaja por crear una sección femenina de fútbol desde el ciclo formativo hasta la categoría territorial de Primera de Aficionadas, que correspondería como punto de partida del futuro primer equipo. Los jugadores con dorsales superiores al 25 son jugadores del Atlético Malagueño y podrán compaginar partidos con el primer equipo y el filial, según exigen las normas de la LFP. Primero recaló en el Atlético de Madrid, aunque en la segunda vuelta de la temporada 1997-98 sería cedido al Real Valladolid donde no llegaría a debutar. Para la temporada 2015-16 de la gestión del club se encarga un grupo de aficionados avilesinos, que forman una directiva para llevar las riendas de la entidad blanquiazul.
Almería y el Club Polideportivo Ejido mantuvieron una gran cordialidad deportiva e institucional como así se demostraba en encuentros donde no era raro ver a aficionados del Poli Ejido apoyando y animando al por aquel entonces Almería C.F. En octubre de 1903 la equipación que recoge la prensa (en su primer encuentro) y por tanto la más antigua conocida era azul. Tanto las mangas como los hombros son negros con un ribete azul en el cuello y al final de las mangas. Como consecuencia del envejecimiento de las instalaciones y de la necesidad de buscar nuevas fórmulas de explotación, 8 de los 20 clubes de Primera División han anunciado que remodelarán sus estadios o construirán uno nuevo en los próximos años. En 2006 pasó a formar parte de la primera plantilla del club. La primera sede social se abre esta temporada en la calle Alonso Alvarado de Las Palmas de Gran Canaria. En la temporada 2020-21, los resultados mejoran y el club logra una de las tres plazas disponibles para la nueva liga Segunda División RFEF. Tras no clasificarse entre los dos primeros, que daban un puesto directo, queda quinto clasificado y tiene que superar tres eliminatorias para obtener la última plaza en juego.