Esto evidentemente afecto al Deportivo Toluca colocándolo en una situación de pelea por el no descenso. En los tiempos extra el Deportivo Toluca remontó el marcador con la anotación de Jorge Rodríguez Esquivel, esto provocó el inicio de un juego más ríspido que culminó con la expulsión de Alfonso Sosa de la U. de G., camiseta futbol baratas por lo que los llamados «Leones Negros» quedaron con 6 hombres en el terreno de juego y perdieron el encuentro por default. Para el torneo Apertura 2021, Toluca realizó una actuación más destacada que los torneos anteriores, culminando en la posición número 6, jugando nuevamente la reclasificación, pero esta vez de local, aunque no sirvió de mucho, ya que Toluca fue derrotado por Pumas con marcador 1- 2 en el partido en el Nemesio Diez, culminando nuevamente en un partido de reclasificación. Perra Brava, Los Hijos del Averno, La Banda del Rojo, Garra Diablos y La Fuerza Roja, aunque evidentemente existen otras barras no registradas que igualmente ocupan las tribunas del estadio. Al conseguir la clasificación a la Segunda División; el Tívoli fue establecido como sede oficial de Toluca ya en el fútbol profesional; sin embargo, un año más tarde, en 1952 el equipo comenzó a utilizar el «Campo Patria» como nueva sede y sobre el cual se construiría el Estadio Nemesio Díez.
El Deportivo Toluca se mantuvo bajo la dirección técnica de José Manuel de la Torre y finalizó el torneo como segundo lugar de su grupo y tercer lugar general; tras clasificar a la liguilla, el Deportivo eliminó al Club América en los cuartos y al Pachuca en las semifinales para volver a clasificar a la final en la cual culminaría coronándose campeones tras vencer al Santos Laguna en la estancia de penales disputada en el Estadio Nemesio Díez. Para este entonces en el torneo nacional de reservas se llegó a la final con un equipo bien dirigido por Rubén Salas Exjugador del club, en el plantel de este equipo de reservas figuraban ya los nombres de: Julio Aguilar, Salvador Carmona, Ricardo Velázquez, El Camarón Díaz Leal, Felipe Aguirre, Rubén González, José Manuel Abundis. El 31 de mayo de 2016, es presentado como director de desarrollo deportivo José Luis Real y se presenta un nuevo proyecto como director técnico, encabezado por una Leyenda e ídolo de la institución Hernán Cristante, que llegaría con otro referente del club como es Enrique Alfaro junto con Joaquín Velázquez como sus auxiliares técnicos, durante el proceso llega a la institución un icono del fútbol de México y ídolo, leyenda de la institución, ex Seleccionado Nacional y Mundialista Antonio Naelson «Sinha» con la finalidad de terminar su exitosa carrera dentro del club, después en el Draft del fútbol mexicano se consigue traer a préstamo al guardameta Luis García como único refuerzo del mercado mexicano, con una base sólida dentro del club tras las bajas de Richard Ortiz, Christian Cueva, Heriberto Vidales y Lucas Lobos por fin de contrato, y se sumaron a las bajas Liborio Sánchez, Christian Pérez, Mario Quezada, Nicolás Saucedo y Omar Arellano que finalizaban su préstamo, otras bajas más fueron Daniel González y Héctor Acosta quienes estaban prestados a Chiapas y Alebrijes en ese mismo orden, no fueron incorporados al equipo actual y se renovaron sus préstamos a otros equipos Chivas y Venados respectivamente, mientras el equipo se encontraba en pretemporada se sumó al cuerpo técnico David Rangel que logrará como jugador de la institución ser capitán y campeón en los años 98′ 99′ y 2000 con Enrique Alfaro y con Hernán Cristante en los años 1999 y 2000, mientras que en el año 2005 igualmente logró el título con Sinha.
En ese Clausura 2017 llegaron hasta semifinales donde fueron eliminados por el Club Deportivo Guadalajara, que a la postre se convirtió en el campeón. A partir de ese momento, Venezuela siguió cosechando resultados negativos tanto en eliminatorias como en la Copa América. En los cuartos de final el Toluca venció al Atlante y en las semifinales al América; llegando a la final para enfrentarse a Necaxa; el partido dio inicio y Necaxa tomó la ventaja de 2-1. Para el partido de vuelta en Toluca, Necaxa incrementó su ventaja a 4-1 y fue entonces cuando el Toluca comenzó a brillar remontando el marcador y venciendo a Necaxa con un final de 5-2 y un global de 6-4 para coronarse campeones el 10 de mayo de 1998. Curiosamente todos los juegos de ida de esta Liguilla los disputaron en el Estadio Azteca, escenario que alberga los partidos como local de Atlante, América y Necaxa. Con la nueva presidencia a cargo el Deportivo Toluca logró nuevamente el título en el Apertura 2008 al vencer 7-6 en muerte súbita de la serie de penales al Deportivo Cruz Azul para un global de 9-8 total, consagrándose como el equipo más ganador de México en los torneos cortos y el tercero históricamente ya que rebasó al mismo Cruz Azul con 9 campeonatos ya que ambos buscaban la novena estrella para su escudo en esa Final; se adquirieron grandes jugadores como Héctor Raúl Mancilla, quien logró el bicampeonato goleo en el Apertura 2008 y Clausura 2009. El 20 de agosto de 2009 el Toluca debutó como México 1° en la Liga de Campeones de la Concacaf, la cual fue instaurada en 2008 como una nueva edición de la Copa de Campeones de la CONCACAF.
Además se logran los fichajes de otros jugadores con recorrido en Europa como Radosav Petrovic e Ivan Balliu, además del nuevo técnico, el luso Pedro Emanuel, quien como jugador logró alzarse con la Champions a las órdenes del técnico luso José Mourinho. Jugadores como Isco Alarcón, Nacho Fernández, Carlos Casemiro o Gareth Bale -todos ellos jóvenes y con proyección- encabezaron una revolución deportiva en la que el club obtuvo la mayor cantidad de ingresos por ventas en toda su historia. Terminado un proceso de 3 años con José Saturnino Cardozo como técnico, fue necesario un cambio radical para el club. En el año 2010 retorno a las competencias oficiales luego de estar un lapso de más de 10 años sin participar en ningún campeonato. Desde sus inicios, y como sección perteneciente al Real Madrid Club de Fútbol, el equipo de baloncesto posee la misma presidencia y junta directiva que el equipo de fútbol, uniendo sus funciones en ambas secciones según el organigrama y sus diferentes competencias. 10 de la tabla general buscando sin éxito alcanzar un boleto para la Liguilla y pelear por el título, siendo eliminados por el Club Santos Laguna mientras que fue eliminado de la Copa MX por Querétaro F.C.